Za opracowanie RPO WM odpowiedzialny jest Zarząd Województwa, który pełni funkcję Instytucji Zarządzającej Programem.
RPO WM został przygotowany w oparciu o doświadczenia płynące z ubiegłego okresu programowania oraz Ogólne zasady opracowania wstępnych projektów regionalnych programów operacyjnych, Procedury przygotowania programów operacyjnych na lata 2007-2013 oraz innych dokumentów niezbędnych do uruchomienia Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia, Strategię Rozwoju Kraju 2007 – 2015, Narodowe Strategiczne Ramy Odniesienia, rozporządzenia w sprawie funduszy strukturalnych i Strategiczne Wytyczne Wspólnoty dotyczące polityki spójności 2007 – 2013. Jest wynikiem wielomiesięcznych prac, warsztatów i konsultacji z przedstawicielami Rządu oraz Komisji Europejskiej.
RPO WM został przyjęty decyzją Komisji Europejskiej z dnia 10 października 2007 r. oraz zmieniony decyzją z dnia 21 grudnia 2011 r.